中获得第二道圣纹：地圣纹，并带领圣源峰众人在源池祭的时候坑害剑来峰，以不到五百的人数几乎击垮剑来峰万余人。在源池祭最后，出现了百余年未曾为出现的万丈水兽，十位圣子联合夭夭，吞吞和周元才侥幸打败它，获得从未有过的九龙洗礼。
半年后，玄源洞天开启，圣州大陆诸多宗门都派弟子前往争夺机缘。在洞天中，与圣宫针锋相对，先后斩杀圣宫首席宁墨（被周元重创，被范妖夺取四色筑神异宝而死）、范妖，断圣宫首席赵鲸一臂，重创圣宫圣子柴嬴，圣宫圣子铁魔、雷俊，在最后的大战中，楚青对阵圣宫第一圣子姜太神，夭夭对阵第二圣子詹台清，周元对阵第三圣子金蟾子。在金蟾子被周元使用银影击杀，詹台清被夭夭的魂炎重伤的时候，姜太神不得不放弃对苍玄宗的战斗。周元在洞天的石壁中得到了第三道圣纹：天诛。
周元突破九重天巅峰时，圣宫中武煌凭借血修罗之身，打败姜太神，成为圣子榜第一圣子。周元挑战六峰，成为圣子之首，夺得七峰圣术。回到苍玄宗后，周元将许诺给夭夭的桃夭酿取出与夭夭品尝，夭夭尝出周元的血得知其材料是由周元之血浇灌半年才结成的，被其感动。他们两情相悦，发展为恋人。他们将一坛桃夭酿埋入树下，夭夭告诉周元其味道难以忘怀，假如有一天她将一切忘记就带她来喝这桃夭酿。周元在玄老的帮助下修炼成了玄圣术。
在周元回大周时，圣宫弟子和苍玄宗弟子打了起来。周元与武煌交战，虽然武煌是第一圣子，但是，武煌还是在与周元的生死之斗时落败而亡。除掉死敌的周元回到了苍茫大陆
之后周元成功突破到神府境，自身气府进化为混沌九神府，然后在与武王的对战中斩其肉身，但武王的神魂逃离，周元只身前往大武都城，与从混元天回来的武瑶见面，武王神魂则被武瑶所灭。武瑶欲夺周元圣龙之气，夭夭却于此时出现，两女一场大战即将开始，周元却又遭武瑶仰慕者赵云霄偷袭，随后武瑶离开。
从来自天云阁的神府境口中得知圣印被隐于雷击之地，为避免圣纹被察觉决定先行寻觅圣印，从黑毒王的口中察觉到圣印被隐于黑渊，与夭夭一同前往寻找。在黑渊雷池中寻出圣印，但因此暴露圣印所在引来苍玄天所有顶尖强者。因天圣殿殿主的威胁，夭夭解开了封印，周元听从玄老的建议与玄老一同将圣纹置入圣印中，唤醒苍玄老祖的残魂，被苍玄老祖借用肉身对抗圣元及外界的圣族强者，但因圣元以肉身接引圣族达到圣者二莲境而陷入绝境。情急下以苍玄老祖残留的力量击碎圣印，使得圣印化为无数碎片四散各地，并企图引爆剩余力量让夭夭逃走，因苍渊及时
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